Nagyon sok szó esik a változókor testi hatásairól, de sokkal ritkábban lehet hallani arról, hogy mi zajlik az agyunkban ebben az időszakban. Tudjuk, hogy a hormonális változások különböző fizikai tüneteket okoznak. Ezen túlmenően azonban a változó hormonszint befolyásolja a gondolkodást, a reakciókat és az alvást is.
Az menopauza a fáradtságérzet növekedése és a szexuális vágy csökkenése mellett mentális változásokat – például memóriazavarokat és érzelmi túlterhelést is okozhat. A fizikai tünetek és a mentális nehézségek együtt különösen erősen hozzájárulnak az életminőség csökkenéséhez. A hormonális változások befolyásolhatják a hippokampusz működését, amely agyunk egyik fontos, a memóriával kapcsolatos, területe.
A fizikai tünetek egy része (pl. a hőhullámok) megnehezítik az éjszakai pihenést, ami szintén hatással van az agyra. Gyakori a heves fáradtságérzet lefekvés előtt, amit azonban nem a hosszantartó pihentető alvás követ, hanem az ébrenlét/elalvás gyakran ismétlődő ciklusa.
Az alvászavarok komolyan hozzájárulnak a memóriaproblémákhoz és hangulatingadozásokhoz. Ehhez járul hozzá továbbá az ösztrogén és progeszteron csökkenésének a szerotonin szintjére gyakorolt hatása. Ennek egyik általános hatása a problémák és nehézségek túlreagálása, amely sírva fakadásban vagy a látszólag ok nélküli dühkitörésben jelentkezik. Számos kutatás igazolja, hogy az alacsonyabb ösztrogénszint maga is hozzájárul a hangulatingadozásokhoz és a memóriazavarokhoz. Az agyban rengeteg ösztrogénreceptor található és az ezekhez tartozó sejtek működését nagyban befolyásolja az alacsony az ösztrogénszint. A jó hír az, hogy a menopauza lecsengése után ezek a nehézségek általában jelentős mértékben javulnak.